Do thành phố mở rộng địa giới hành chính, mạng lưới giao thông phát triển mạnh, nhiều tuyến giao thông chính được mở mới nên vị trí đặt chốt không còn phù hợp, có nhiều đường ngang, ngõ tắt nên các phương tiện vận chuyển động vật, sản phẩm động vật không rõ nguồn gốc, không có giấy chứng nhận kiểm dịch hoặc gia cầm nhập lậu cố tình trốn tránh không đi qua tuyến có chốt kiểm dịch động vật. Bên cạnh đó, từ ngày 01/7/2016 Luật Thú y bãi bỏ việc kiểm dịch nội tỉnh do đó, động vật và sản phẩm động vật trong địa bàn Thành phố không phải thực hiện kiểm dịch khi lưu thông. Mặt khác, chi phí để duy trì hoạt động của các chốt kiểm dịch liên ngành lớn.

Để hoạt động phúc kiểm, kiểm dịch động vật qua các Chốt kiểm dịch động vật liên ngành có hiệu quả cao, tránh tình trạng sử dụng nhân lực và kinh phí cho công tác phòng chống dịch bệnh gia súc, gia cầm không hiệu quả. UBND Thành phố có Quyết định số 4196/QĐ-UBND ngày 15/8/2018. Trong đó:

1. Chấm dứt hoạt động của 03 Chốt kiểm dịch động vật liên ngành: Ngọc Hồi (xã Liên Ninh, huyện Thanh Trì), Dốc Lã (xã Yên Thường, huyện Gia Lâm), Cầu Giẽ (xã Châu Can, huyện Phú Xuyên).

2.  Chuyển vị trí đặt chốt kiểm dịch Ba La, quận Hà Đông đến thị trấn Xuân Mai (huyện Chương Mỹ).