Chương trình mục tiêu Quốc gia XDNTM đã và đang được triển khai mạnh ở các địa phương trong huyện. Một trong những tiêu chí khó khăn nhất của Chương trình này là nâng cao thu nhập cho người nông dân. Sau khi có chủ trương, nghị quyết của Trung ương và Thành ủy Hà Nội về Chương trình MTQG xây dựng nông thôn mới, Huyện ủy tập trung lãnh đạo, chỉ đạo triển khai tổ chức thực hiện đến 100% cấp ủy đảng, cơ quan, cán bộ, đảng viên và các đoàn thể quần chúng. Có gần 3.000 cán bộ chủ chốt từ huyện đến cơ sở tham gia học tập; 100% cơ sở Đảng tổ chức gần 90 buổi tuyên truyền cho hơn 17.500 lượt người dân; huyện còn phối hợp với Chi cục Phát triển nông thôn Hà Nội tổ chức 30 lớp tập huấn cho cho hơn 1.500 thành viên các Ban Chỉ đạo về xây dựng NTM. Công tác tuyên truyền còn được đẩy mạnh qua hoạt động tọa đàm, mở lớp bồi dưỡng ở Đoàn Thanh niên Cộng sản Hồ Chí Minh, Hội Liên hiệp Phụ nữ huyện và qua hệ thống truyền thanh từ huyện đến cơ sở.
Bên cạnh đó, huyện ban hành nhiều đề án phù hợp như Phát triển kinh tế nông nghiệp; Phát triển làng nghề truyền thống; Cơ giới hóa sản xuất nông nghiệp... thành lập Ban Chỉ đạo “Phát triển nông nghiệp, xây dựng NTM, từng bước nâng cao đời sống nông dân huyện Phú Xuyên”. Do làm tốt công tác tuyên truyền, vận động, nêu cao tính tiền phong gương mẫu của cán bộ, đảng viên; đặc biệt là thực hiện đúng quy trình, bảo đảm công khai, dân chủ và nông dân thực sự làm chủ đồng ruộng nên công tác dồn điền, đổi thửa nhanh chóng hoàn thành: nhiều xã đạt từ 90 - 100% như Đại Thắng, Văn Hoàng, Phú Túc, Tân Dân... UBND các xã, HTX nông nghiệp hướng dẫn các hộ dân tiến hành cơ giới hóa nông nghiệp và sản xuất theo quy hoạch. Đến ngày 15/11, toàn huyện đã có 26 xã, 132 thôn và 3 xóm đã được phê duyệt phương án dồn điền đổi thửa, với tổng diện tích 9.121,5 ha, bằng 94% so với diện tích phải dồn. Đã có 10 xã, 87 thôn, xóm giao ruộng tại thực địa cho các hộ dân, diện tích 5.990,3 ha, bằng 65,67% diện tích đã được phê duyệt. Hiện còn 48 thôn, xóm đã được phê duyệt phương án nhưng chưa giao được ruộng cho các hộ dân. Tuy nhiên, trên địa bàn huyện vãn còn 1 số thôn, xóm chưa xây dựng phương án dồn điền đổi thửa là: Thôn Thượng Yên xã Phú Yên; Thôn Viên Hoàng, Đào xá, Kim Long Thượng, Kim Long Nội xã Hoàng Long và 2 xóm của xã Hồng Minh.
Đồng thời, trong thời gian vừa qua huyện chọn 2 nội dung để tập trung đột phá là: Cơ giới hóa nông nghiệp và thực hiện \"Quy ước xây dựng nông thôn mới\", từng bước đưa nông nghiệp phát triển toàn diện theo hướng hiện đại, phát huy lợi thế của vùng quê có nhiều làng nghề truyền thống, tiểu thủ công nghiệp, tạo việc làm tại chỗ cho nông dân. Quy hoạch của mỗi xã được làm rõ từng vùng sản xuất lúa, trồng rau an toàn, cây màu, cây ăn quả, trồng hoa; vùng chăn nuôi tập trung xa khu dân cư; vùng nuôi trồng thủy sản kết hợp với phát triển trang trại; quy hoạch các cụm, điểm công nghiệp làng nghề tập trung. Huyện bám sát cơ sở để hướng dẫn, chỉ đạo các xã áp dụng tiến bộ khoa học kĩ thuật, công nghệ tiên tiến vào sản xuất nông nghiệp. Các xã đã thực hiện sản xuất lúa ứng dụng biện pháp thâm canh cải tiến SRI; gieo mạ khay cấy bằng máy; tăng diện tích sản xuất lúa hàng hóa chất lượng cao (2.565ha); triển khai mô hình lúa - cá 20ha ở Chuyên Mỹ, 40ha ở Hoàng Long; mô hình sản xuất nấm ở Phượng Dực và Hồng Thái. Mô hình gieo mạ khay cấy bằng máy đã tiết kiệm chi phí 3 - 3,5 triệu đồng/ha, tăng năng suất từ 10 - 15% so với gieo cấy truyền thống. Huyện chọn mô hình này làm khâu đột phá, phấn đấu đến năm 2015, toàn bộ diện tích ruộng được áp dụng công nghệ mạ khay cấy máy. Toàn huyện có 815 trang trại, trong đó 55 trang trại đạt tiêu chí mới; sản xuất nông nghiệp đã có nhiều chuyển biến tích cực cả về năng suất, chất lượng, giá trị thu nhập trên đơn vị canh tác; thu nhập bình quân đầu người 9 tháng đầu năm 2013 đạt 23,76 triệu đồng/người/ (tăng 9 triệu đồng so năm 2008); không còn nhà dột nát; hệ thống tưới tiêu cơ bản đồng bộ. Huyện đang xây dựng nhãn hiệu tập thể cho các sản phẩm: Vịt giống Đại Xuyên, rau cần Khai Thái, đậu tương đông Phú Xuyên; giày da Phú Yên, khảm trai Chuyên Mỹ…
Để có thể hoàn thành công tác dồn điền đổi thửa trong năm 2013, thời gian tới, huyện Phú Xuyên tiếp tục quán triệt sâu, rộng Chỉ thị của Thành ủy, Kế hoạch của UBND thành phố, Kế hoạch, Phương án dồn điền của UBND huyện, xã tới đội ngũ cán bộ, cấp uỷ, Đảng viên trong toàn Đảng bộ, cán bộ các ngành, MTTQ và các đoàn thể nhân dân trong toàn xã. Điều hành tập trung, thống nhất, xử lý và giải quyết linh hoạt, kịp thời, đúng nguyên tắc của Ban chỉ đạo xã về những đề nghị, kiến nghị của nhân dân và Ban dồn điền các thôn xóm. Phát huy vai trò nòng cốt của các đoàn thể nhân dân trong tuyên truyền, vận động, thuyết phục, làm cho nhân dân hiểu rõ dồn điền đổi thửa trong sản xuất nông nghiệp là mang lại lợi ích trực tiếp, thiết thực cho chính bản thân và gia đình họ.