Bên cạnh kết quả đạt được, quá trình thực hiện công tác dồn điền, đổi thửa tại một số địa phương còn gặp một số tồn tại, cụ thể: Còn 3,96% chưa thực hiện dồn điền, đổi thửa nằm rải rác trên địa bàn 49 xã thuộc 12 huyện; một số huyện tuy đã thực hiện vượt, hoàn thành hoặc cơ bản hoàn thành kế hoạch, nhưng một số thôn vẫn còn vướng mắc, người dân chưa nhận ruộng và bỏ ruộng hoang không sản xuất, khiếu kiện vượt cấp gây mất trật tự an ninh xã hội.
Để hoàn thành công tác dồn điền, đổi thửa, UBND thành phố yêu cầu UBND các huyện, thị xã tiếp tục đổi mới, nâng cao hiệu quả công tác tuyên truyền, tạo sự đồng thuận, tự giác của mỗi cán bộ, đảng viên và người dân tích cực tham gia xây dựng nông thôn mới, thực hiện dồn điền, đổi thửa, thúc đẩy hình thành vùng sản xuất tập trung, tạo điều kiện thuận lợi cho chuyển đổi cơ cấu cây trồng, vật nuôi, áp dụng tiến bộ khoa học kỹ thuật đưa cơ giới hoá vào sản xuất.
Cùng với đó, chỉ đạo UBND các xã tiếp tục rà soát, thống kê những diện tích còn lại có thể dồn điền, đổi thửa để xây dựng phương án, kế hoạch, phương thức triển khai thực hiện phù hợp với thực tiễn của địa phương. Cấp uỷ, chính quyền, đặc biệt là các xã, thôn cần thực hiện tốt quy chế dân chủ ở cơ sở, vai trò giám sát của nhân dân, công khai, minh bạch trong thực hiện các đề án xây dựng nông thôn mới và dồn điền, đổi thửa.
Tập trung nguồn lực cho phát triển sản xuất nông nghiệp, xây dựng nông thôn mới. Trong điều kiện nguồn lực có hạn, cần ưu tiên đầu tư cơ sở hạ tầng phục vụ phát triển sản xuất, nhất là đào đắp giao thông thuỷ lợi nội đồng sau dồn điền, đổi thửa; phân kỳ đầu tư hợp lý, kế thừa tối đa những công trình có sẵn còn phát huy tác dụng; đồng thời ưu tiên đầu tư, chuyển giao, ứng dụng khoa học kỹ thuật, công nghệ sản xuất mới, cơ giới hoá đồng bộ trong sản xuất nông nghiệp.
Tập trung chỉ đạo các tổ công tác xuống thôn, xã hướng dẫn, giải quyết dứt điểm theo thẩm quyền những vướng mắc, khó khăn, kiến nghị của người dân liên quan đến công tác dồn điền, đổi thửa, tạo điều kiện cho nhân dân sớm nhận ruộng, yên tâm đầu tư phát triển sản xuất, ổn định đời sống; tăng cường công tác đối thoại, giải thích với người dân về chủ trương, đường lối, chính sách của Đảng, pháp luật của Nhà nước; vận động nhân dân cấy hết diện tích vụ mùa không để tình trạng bỏ ruộng.
Các sở, ngành căn cứ chức năng, nhiệm vụ được giao tăng cường hướng dẫn, giúp đỡ cơ sở tháo gỡ khó khăn trong công tác dồn điền, đổi thửa... Còn các thành viên Ban Chỉ đạo thành phố có kế hoạch làm việc với các huyện, thị xã tăng cường công tác kiểm tra, đôn đốc giải quyết dứt điểm những vướng mắc trong công tác dồn điền, đổi thửa.